Las principales funciones de la Gerencia de Hidrometeorología son:

• Planificar, expandir, operar y mantener la red nacional de estaciones de observación meteorológica e hidrológica y de calidad del agua de acuerdo con las  normas internacionales establecidas por Organización Meteorológica Mundial.
• Gestión del Banco Nacional de Datos Meteorológicos e Hidrológicos.
• Elaboración de pronósticos trimestrales de lluvia.
• Monitoreo de los fenómenos de El Niño y La Niña.
• Estudios de Variabilidad Climática y de Cambio Climático.
• Elaboración de productos derivados de las variables meteorológicas: mapas de isoyetas, isotermas, evapotranspiración.
• Miembro en Proyectos interdisciplinarios e intersectoriales (ISA, MIDA, BDA, IDIAP, APACH, FCA, Instituto Conmemorativo Gorgas, etc.)
• Mantener y operar la red de estaciones sinópticas básicas de acuerdo con las normas internacionales establecidas por la Organización Meteorológica Mundial (OMM).
• Preparar pronósticos del estado del tiempo para todo el país y emitir los avisos correspondientes en caso de situaciones meteorológicas adversas.
• Recopilar, procesar y archivar la información procedente de las estaciones sinópticas.
• Mantener y operar el sistema de telecomunicaciones meteorológicas nacionales y garantizar su efectividad dentro del sistema regional de telecomunicaciones.
• Elaborar la climatología sinóptica de Panamá.
• Mantener un programa permanente de formación  profesional y entrenamiento del personal en las actividades de competencia de la Gerencia.
• Instalar, mantener y operar el sistema de telemedida para pronósticos en la operación de embalses.
• Construir y mantener las obras civiles de todas las estaciones hidrometeorológicas de la Empresa de Transmisión Eléctrica, S.A.
• Mantener y actualizar un inventario de las aguas subterráneas.
• Realizar estudios limnológicos en embalses de interés nacional.
• Elaborar y mantener al día, el inventario de los recursos hidráulicos, eólicos y solares señalando su ubicación, cantidad, calidad y disponibilidad.
• Preparar informes sobre los recursos hídricos (balances hidrológicos, mapa de isoyetas, evapotranspiración y de escorrentía, etc.)
• Preparar y divulgar los pronósticos hidrológicos y meteorológicos
• Preparar el Balance Hidrológico superficial para todas las cuencas del país.
• Mantener y fomentar las relaciones y la suscripción de convenios cooperativos con instituciones científicas y organismos nacionales e internacionales vinculados a la meteorología, a la hidrología y las ciencias conexas, en especial con la Autoridad del Canal de Panamá, la Autoridad Aeronáutica Civil,  SINAPROC y ANAM.
• Instalar sistema de alerta temprana en cuencas hidrográficas propensas a inundaciones en coordinación con el Sistema Nacional de Protección Civil, para contribuir a las alertas para inundaciones y a la mitigación de los daños y pérdidas de vida y bienes.
• Instalar, operar y mantener la red de estaciones para la medición de tormentas eléctricas atmosféricas.
• Realizar estudios hidrometeorológicos para la determinación del potencial hidroenergético; y para otros aprovechamientos de los recursos hídricos y de fuentes energéticas no tradicionales.
• Realizar investigaciones hidrometeorológicas a través de la instalación de redes de estaciones hidrométricas, meteorológicas, y de calidad de agua y del aire, así como el procesamiento, interpretación, archivo y publicación de la información.
• Analizar la disponibilidad y utilización de los recursos hídricos para generación eléctrica y pronóstico de los aportes de agua a las diferentes centrales.
• Representar a la República ante la Organización Meteorológica Mundial (OMM), el Comité Regional de Recursos Hidráulicos (CRRH),  la Organización de las Naciones Unidas para la Educación y la Cultura (UNESCO), y el Foro del Clima de América Central.
• Ser miembro de Comisiones interinstitucionales (Comité Nacional del Cambio Climático, Comité Nacional de lucha contra la Sequía y la Desertificación).
• Mantener enlaces permanentes de telecomunicaciones con los centros meteorológicos regionales  y mundiales, con el fin de recibir productos meteorológicos y datos originados en estos centros de observación terrestre, marítimas y satelital, dentro del programa de la Vigilancia Meteorológica Mundial (VMM)
• Mantener relaciones internacionales con los organismos  vinculados con la meteorología, la climatología, la hidrología operativa y la hidrología científica especializados en recursos hidráulicos y medio ambiente:  CEPAL PNUMA, OEA, SICA. 
• Brindar asistencia técnica en todas las labores relacionadas con las actividades de la Gerencia a instituciones públicas y a particulares que así lo soliciten.